В постановлении Верховного Совета РСФСР от 22 декабря 1990 г. № 442-1 также закреплялось положение о том, что денежные средства Фонда не входят в состав республиканского бюджета РСФСР, других бюджетов и фондов и изъятию не подлежат. Позднее данная норма предусматривалась во всех нормативных правовых актах, регламентирующих деятельность Пенсионного фонда Российской Федерации.

Таким образом, средства, предназначенные для пенсионного обеспечения, были выделены из состава государственного бюджета в самостоятельный бюджет Пенсионного фонда РСФСР (оставаясь при этом государственной собственностью). Одновременно были определены на законодательном уровне условия формирования государственного Пенсионного фонда.

Развитие собственных источников финансирования должно было достигаться улучшением собираемости тарифов взносов на указанные цели. Переориентация каналов поступления финансовых ресурсов на пенсионные цели на преимущественное использование страховых методов имела глубокое экономическое содержание и социальные последствия для развития рыночных отношений и эффективной деятельности системы пенсионного обеспечения нетрудоспособных граждан.

В части организационной структуры управления деятельностью по назначению и выплате государственных пенсий была сохранена прежняя система — через государственные органы социального обеспечения (в последующем — социальной защиты населения). [40, с.662]. Постановлением Правления Пенсионного фонда РФ от 9 октября 2000г. № 118 «О создании управлений ПФР в федеральных округах» с целью координации и контроля за деятельностью отделений Пенсионного фонда в федеральном округе; взаимодействия с полномочным представителем Президента Российской Федерации; координации программ социальной защиты пожилых и нетрудоспособных граждан; взаимодействия с органами Федерального казначейства, Министерства по налогам и сборам, органами государственной власти и местного самоуправления по вопросам прохождения средств и обобщения сведений о доходной части бюджета Пенсионного фонда созданы управления Пенсионного фонда России в 7 федеральных округах (Центральном, Северо-Западном, Южном, Приволжском, Уральском, Сибирском, Дальневосточном), утверждено Типовое положение об Управлении Пенсионного фонда РФ в федеральном округе.

В 1996 году вступил в силу федеральный закон от 01 марта 1996 года № 27-ФЗ "Об индивидуальном (персонифицированном) учете в системе государственного пенсионного страхования" в пяти субъектах РФ, а с 01 января 1997 года на всей территории Российской Федерации, в соответствии с которым к органам ПФР перешло от кадровых служб работодателей ведение учета пенсионных прав работающих граждан. В реформируемой пенсионной системе основное значение для увеличения размера пенсии приобретал не трудовой стаж, как в старой пенсионной системе, а учтенный страховой стаж и размеры платежей, которые осуществлял в интересах работника работодатель. В 1997 в системе ПФР был создан Информационный центр персонифицированного учета, который ведет базу данных персонифицированного учета центрального уровня.

До 2001 года источником формирования бюджета ПФР были страховые взносы. Пенсионный фонд сам обеспечивал целевой сбор страховых взносов, осуществлял администрирование, а также осуществлял финансирование расходов, связанных с выплатой государственных пенсий. После внесения в 2000 году поправок в Налоговый кодекс Российской Федерации формой платежа в систему государственного пенсионного страхования вместо взноса стал налог, точнее часть единого социального налога, которая направлялась на финансирование пенсионных выплат.